究药物鉴定论文。利用华大基因测序平台对完整文库进行测序。序列拼接和组装转录组测序后，获得原始读段，通过数据过滤获得高质量读段。利用软件重新组装获取转录本序列，然后使用软件对转录本进行聚类去冗余，以获，李依民，张化为，陈莹，等白鲜根转录组高通量测序与数据分析中草药，魏俊雯，张声祥，施圆圆，单春苗，马克龙，吴家文基于转录组测序的牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因分析中草药，基金安徽省高校自然科学研究重大项目及重点项目安徽省高校优秀青年人才支持计划项目安徽省自然科学基金项目国家级大学生创新创业训练计划项目名贵中药资源可持续利用能力建设项目。利用软件重新组装获取转录本序列，然后使用软件对转录本进行聚类去冗余，以获得。功能注释和分类利用对获得的进行非冗余蛋白质数据库蛋白质序列数据库京都基因与基因组百科全书蛋白直系同源数据库非冗余核苷酸转录组测序基础上牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因研究药物鉴定论文能激活的表达，使得木质素含量提高。因此本课题组推测在牛蒡木质素类物质生物合成过程中类转录因子可能对木质素类物质生物合成的关键酶也发挥着重要的调控作用。本研究首次对牛蒡根进行了转录组测序，构建了牛蒡根转录组数据库，为牛蒡木质素类物质生物合成途径的解析和关键酶功能研究奠定了基础。参考文献武世豪，杜金行，努尔比亚阿布拉，等牛蒡药理作用研究进展中华中医药杂志，曹剑锋牛蒡根其化学成分的药理活性研究济南山东大学，郑云枫，彭国平牛蒡的化学研究进展时珍国医国药，蒋淑敏牛蒡化学成分和药理作用的研究现状时珍国医国药，崔银雪木脂素对乳腺癌细胞抗增殖作用及其机制的研究延吉延边大学，冯亚净，媛媛，王瑞鑫，等味子木脂素对大肠杆菌的抑菌机理及效果食品与发酵工业，惠永正中药天然产物大全成及其调控机制尚未有深入研究。本研究首次利用华大基因平台对牛蒡根样品进行转录组测序，通过从头组装后获得了个，平均长度为通过功能基因分析进步挖掘了牛蒡木质素类物质生物合成的关键基因。将获得的与等大数据库进行比对，有个获得功能注释，注释率为，这与已报道的艾草黄白鲜等药用植物转录组注释比例相似。因为缺乏基因组信息，个未获得注释，故牛蒡根转录组尚存在功能未知的。图转录因子家族分类表木质素类物质生物合成相关转录因子在牛蒡根木质素合成途径中，个功能基因编码种关键酶，其中是调控木质素合成的首个关键酶，能够催化苯丙氨酸脱氨生成肉桂酸。在牛蒡根中编码的基因表达量最高，且具构域和，图黄色螺旋显示和屏蔽结构域，图青色螺旋显示。其中，结构域包含酶家族保守序列图，绿色方框显示和酶的活性中，即图，红色球形显示图，红色方框显示。图氨基酸序列比对及蛋白空间结构模型同型聚体单体个基因的氨基酸序列比对红色框出的是酶的活性中心的同源性及系统进化关系分析利用软件对数据库中不同植物的氨基酸序列进行比对分析得到系统发育进化树图。与刺菜蓟的遗传距离最短，亲源关系最近，这与刺菜蓟与牛蒡都属于菊科菜蓟族是致的。图的系统发育进化树与木质素生物合成及其他次生代谢相关的转录因子转录因子木质素类物质生物合成相关基因分析在牛蒡木质素合成图中，苯丙氨酸经由苯丙酸途径，通过系列的脱氨基羟基化与甲基化等反应，合成羟基肉桂酸类化合物，包括对香豆酸咖啡酸与阿魏酸羟基肉桂酸经香豆酸辅酶连接酶催化合成羟基肉桂酸酯酰辅酶类化合物，然后进入木质素特异的合成反应中，经肉桂酰辅酶还原酶与肉桂醇脱氢酶步还原反应生成甲基化程度不同的木质素单体木质素单体在过氧化物酶的作用下进步氧化聚合，生成种主要的木质素类型对羟基苯基木质素木质素愈创木基木质素木质素和紫丁香基木质素木质素。共发现个参与木质素的代谢通路，有个编码木质素合成途径中种关键酶，包括质素类合成途径的研究。本研究利用华大基因测序平台构建牛蒡根转录组数据库，获取了转录本信息，通过分析功能基因，挖掘木质素生物合成关键酶，为进步揭示牛蒡木质素的生物合成路径及调控机制关键酶基因功能研究等奠定了基础。的分析利用数据库对牛蒡参与代谢途径的进行注释，结果有个注释到大类群中，参与了条代谢途径。其中细胞过程主要集中在运输和分解代谢，个环境信息处理主要集中在信号传导，个遗传信息处理主要安徽省高校优秀青年人才支持计划项目安徽省自然科学基金项目国家级大学生创新创业训练计划项目名贵中药资源可持续利用能力建设项目。的分析利用数据库对牛蒡参与代谢途径的进行注释，结果有个注释到大类群中，参与了条代谢途径。其中细胞过程主要集中在运输和分解代谢，个环境信息处理主要集中在信号传导，个遗传信息处理主要集中在翻译，个和折叠分类和降解，质生物合成途径的解析和关键酶功能研究奠定了基础。参考文献武世豪，杜金行，努尔比亚阿布拉，等牛蒡药理作用研究进展中华中医药杂志，曹剑锋牛蒡根其化学成分的药理活性研究济南山东大学，郑云枫，彭国平牛蒡的化学研究进展时珍国医国药，蒋淑敏牛蒡化学成分和药理作用的研究现状时珍国医国药，崔银雪木脂素对乳腺癌细胞抗增殖作用及其机制的研究延吉延边大学，冯亚净，媛媛，王瑞鑫，等味子木脂素对大肠杆菌的抑菌机理及效果食品与发酵工业，惠永正中药天然产物大全上海上海科学技术出版社，王国丽，祝洪艳，郜玉钢，等味子木脂素对中枢神经系统作用的研究进展上海中医药杂志，丁霄，曹彩荣，李朋波，等植物木质素的合成与调控研究进展山西农业科学，胡晓立，杨建民，陈东亮，等胁迫对紫叶李叶片色泽的影响等大数据库进行比对，有个获得功能注释，注释率为，这与已报道的艾草黄白鲜等药用植物转录组注释比例相似。因为缺乏基因组信息，个未获得注释，故牛蒡根转录组尚存在功能未知的。图转录因子家族分类表木质素类物质生物合成相关转录因子在牛蒡根木质素合成途径中，个功能基因编码种关键酶，其中是调控木质素合成的首个关键酶，能够催化苯丙氨酸脱氨生成肉桂酸。在牛蒡根中编码的基因表达量最高，且具有完整的读码框，本课题组对其级结构进行同源建模，的空间结构是个橄榄球状的同型聚体，每个单体包含个结构域，其中，结构域含有酶家族保守序列和肽活性中心。肽经环化脱水形成亲电基团，通过攻击芳香环增加亲转录组测序基础上牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因研究药物鉴定论文中在翻译，个和折叠分类和降解个代谢主要集中在碳水化合物代谢，个和氨基酸代谢，个有机系统主要集中在环境适应，个图。图的功能分类图的功能分类在牛蒡根的转录组数据中，共有个基因定位于个其他次生代谢产物合成相关的途径，其中个被定位于苯丙素生物合成途径其次是有个被定位于类黄酮生物合成途径定位于花青素生物合成途径的最少，仅有个芳香族氨基酸的莽草酸途径，然后经过脱氨基甲基化羟基活化等过程生成羟基肉桂酸类化合物及羟基肉桂酸酯酰辅酶类化合物它们进步被氧化还原为木质素单体，再强化脱氢聚合生成木质素。牛蒡的苯丙氨酸解氨酶是调控木质素合成的首个关键酶，能够催化苯丙氨酸脱氨生成肉桂酸，大量研究表明活性与木质素花青素黄酮等的积累呈显著正相关，说明其在调节次级代谢产物的生成维持植物正常生长发育及提高植物抗逆能力方面发挥着重要作用。近年来，象草慈竹笋等多种植物被陆续进行了转录组测序，象草和慈竹笋中木质素类物质生物合成途径及关键酶也得到了分析。而牛蒡转录组信息的研究目前尚未被报道，这也阻碍了对牛蒡。图氨基酸序列比对及蛋白空间结构模型同型聚体单体个基因的氨基酸序列比对红色框出的是酶的活性中心的同源性及系统进化关系分析利用软件对数据库中不同植物的氨基酸序列进行比对分析得到系统发育进化树图。与刺菜蓟的遗传距离最短，亲源关系最近，这与刺菜蓟与牛蒡都属于菊科菜蓟族是致的。图的系统发育进化树与木质素生物合成及其他次生代谢相关的转录因子转录因子，被证明可以调控各种次生代谢途径。在牛蒡根转录组数据库中，个被注释为，共分为个家族。其中数目最多的是家族个，其次是家族个，个代谢主要集中在碳水化合物代谢，个和氨基酸代谢，个有机系统主要集中在环境适应，个图。图的功能分类图的功能分类在牛蒡根的转录组数据中，共有个基因定位于个其他次生代谢产物合成相关的途径，其中个被定位于苯丙素生物合成途径其次是有个被定位于类黄酮生物合成途径定位于花青素生物合成途径的最少，仅有个图。木质素是由苯丙烷单体脱氢聚合而成，苯丙烷首先经历苯丙氨酸酪氨酸色氨酸等林业科学，李云飞，李彦慧，王中华，等土壤干旱胁迫对紫叶矮樱叶片呈色的影响生态学报，刘佳，徐秉良，薛应钰，等美洲南瓜种皮苯丙氨酸解氨酶基因克隆与表达分析中国农业科学吴娟子，钱晨，刘智微，等基于转录组测序分析象草木质素合成的研究草业学报，蒋海港，王树刚，刘阳，等基于转录组测序的慈竹笋木质素基因筛选及其表达分析植物研究，李依民，彭亮，杨冰月，等基于高通量测序技术的黄根茎转录组数据分析中草药，李依民，张化为，陈莹，等白鲜根转录组高通量测序与数据分析中草药，魏俊雯，张声祥，施圆圆，单春苗，马克龙，吴家文基于转录组测序的牛蒡木质素类物质生物合成途径及关键酶基因分析中草药，基金安徽省