1、“.....但是，实际上生物体内的微卫星序列并不能无限延长。种间交叉比较表明，它们在长时间的进化过程中都是保守的，其长度可以维持在定的范围内。有些研究者推测这种现象可能与物种所承受的进化压力有关。但也有人认为这种现象与进化压力没有直接的关系，而是微卫星序列的本身属性。还有人认为微卫星序列的长度及其分布是微卫星序列的复制滑移和随机点突变在进化过程中的共同作用的结果。二者通常在基因组中处于种平衡状态。目前的研究发现，进化过程中不同物种的错配修复系统有差异，它们对不同序列类型的错配有着不同的修复效率，这可能就是造成不同物种中不同微卫星序列的丰度各不相同的主要原因。此外，微卫星序列可能在卫星序列的最初形成具有重要的作用，有些微卫星序列甚至还作为小卫星序列基本单位的组成部分。简单重复序列的分类简单重复序列，分为型，二型，三型如，四型如，五型如,六型如，其中代表重复的次数。根据简单重复序列的结构，将其分为类......”。

2、“.....完全的简单重复序列是指由连续的重复单元构成的简单重复序列不完全的简单重复序列是指重复序列中间有个以下的非重复碱基，两侧连续的重复单元重复数大于复合的简单重复序列则指两类或两类以上的串联重复单位由个连续的非重复的碱基分隔开，但连续的重复单元的重复数不小于。在各种真核生物的基因组序列中普遍存在，而且它的分布是随机的，大约每隔就存在个。既可以存在于内含子中，也可以存在于外显子中。在不同的生物体间的数量重复次数重复单位拷贝数变异及染色体分布等有很大的差别。简单重复序列产生的机制及其影响因素微卫星序列在复制过程中容易发生长度变化在不同生物中。这种突变的频率各不相同，般大约在之间，明显高于相应物种每世代单碱基突变的频率。目前较为流行的湖南大学毕业设计论文第页观点认为，这种突变是滑移和复制修复系统共同作用的结果。该假说认为，微卫星序列在复制过程中新生链和模板链之间有时会发生局部解链和重新配对......”。

3、“.....新生链和模板链偶尔会错位而产生错配。聚合酶在这种错配的链上继续合成。就会导致新生链的长度发生变化。如果这种错配不被体内的复制修复系统正确修复，下轮复制时就可以产生序列长度突变了的双链。正常情况下，生物体内的复制修复系统可以将微卫星序列的突变频率降低在人类结肠和直肠癌患者中。体内微卫星序列的长度不稳定就是由于修复系统的功能缺陷造成的。滑移频率本身受多种因素的影响。其中，微卫星序列的长度与序列的突变率呈正相关，并且这种相关性不是简单的线性关系。微卫星序列基本重复单位的长度也与突变频率有关，离体复制时，二碱基微卫星序列的突变频率显著高于三碱基微卫星序列。近来有人提出滑移的产生可能还有另种途径，该途径与冈崎片段的复制相关。该假说认为，当正在合成的冈崎片段复制到相邻的冈崎片段时并没有立即停下来，而是部分取代了下游的冈崎片段。当该过程发生在微卫星区段时，这段被取代的微卫星可以错开到几个基本重复单位重新与模板配对......”。

4、“.....如果这种带有错配的不被修复，则可导致微卫星的长度变化。般情况下，微卫星滑移复制时每次只产生少数几个碱基的变化。不过，也有些微卫星序列，当序列长度维持在定的阈值范围内时，突变率较低，而且突变时序列长度的变化也较小。但是，旦当序列长度超过定的阈值范围，突变率将急剧升高，并且突变时序列长度往往发生大幅度的增加。简单重复序列的应用微卫星序列作为研究物种进化的重要工具已经越来越被人们重视，许多串联重复序列在基因组中具有重要的功能，目前普遍认为具有个作用是组成开放阅读框的部分二是参与基因组的调节活动，位于基因的启动子区域，是基因表达调节机制中的个重要组成部分三是组成染色体的脆性位点。基因组是个复杂的信息储存系统在基因组系统结构中，重复序列作为主要的决定因素影响着复制染色体分离基因表达等重要生命活动。对串联重复序列生物功能的研究还处于起步阶段，鉴于微卫星序列在基因组中的重要作用，有小外......”。

5、“.....相对密度的不同展现出了在各个基因组中的重复次数可能不同，而重复次数越多的在基因组中是不稳定的，容易变异，变异可能会影响基因组的整体结构，导致基因编码出的蛋白质发生变化。基因组各基序重复频率与最长基序表基因组中各基序在中出现的总次数重复基序编号型二型三型四型五型六型湖南大学毕业设计论文第页湖南大学毕业设计论文第页湖南大学毕业设计论文第页注括号中的数字表示每种重复基序或重复基序组合总的出现次数。基因组中出现频率最高的基序不同的重复基序在生物体基因组中出现的频率是不同的。从上述可见，不论含量的高低,重复基序相对于重复来说都占绝对的优势。在型中，大多数以,重复基序为主。其中病毒中基序重复次数为，其次为和病毒中基序重复次数为二型中重复次数最多基序为病毒中的和基序，重复次数分别为和次。其次为病毒基因组中的基序重复次数为次三型在供分析的种病毒中以为主，其中最高重复次数为次在病毒中，其次为次出现在病毒基因组中。四，五......”。

6、“.....只有病毒中出现了四型的。由上述及表所见，种病毒基因组的以二型为主，作为种分子标记,双核苷酸重复因具有更高的突变频率,而在所有的中具有重要的应用价值。其次为型和三型四，五六型几乎不存在。病毒基因组的这种现象与真菌基因组的频率分布差异很大。基因组中最长的基序长的重复序列普遍具有比较高的突变频率,在引物的设计中具有重要的应用价值。表种病毒基因组各个最长的基序编号基序类型长度湖南大学毕业设计论文第页表显示基因组中最长的基序为单核苷酸基序序列长,其次为序列长和序列长出现在以及病毒基因组中。除了病毒外其他病毒的最长基序均为三型核苷酸。并且富含碱基。多序列比对进化树的概念进化树在多序列比对中具有重要的意义。进化树，英文。在生物学中，用来表示物种之间的进化关系，又称系统树系谱树。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系......”。

7、“.....如果每条边都被赋予个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出生物进化有个规律，都是从水生到陆生，从低等到高等，从简单到复杂。根据蛋白质的序列或结构差异关系可构建分子进化树或种系发进生树。进化树给出分支层次或拓扑图形，它是产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点的种反映，树枝的长度反映当湖南大学毕业设计论文第页这些事件发生时就存在的蛋白质与现在的蛋白质之间的进化距离。根据进化树不仅可以研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定物种的进化地位。对于物种分类问题，蛋白质的分子进化树亦可作为个重要的依据。构建进化树的方法包括两种类是序列类似性比较......”。

8、“.....通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。多序列比对的分析方法将上述种烟草花叶病毒基因组序列在软件中的程序进行处理，方法如下打开程序，点击输入新序列全部输入种序列后点击，如下图，进行序列比对程序。湖南大学毕业设计论文第页点击，观察进化树。图软件分析的进化树结果注进化树见上图，由上到下顺序依次为。树枝的长度反映当这些事件发生时就存在的蛋白质与现在的蛋白质之间的进化距离。根据进化树不仅可以研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。树枝越短，两者亲缘关系越近。湖南大学毕业设计论文第页之后再将序列比对结果复制于文件中，用红色标出每种病毒的简单重复序列，紫色标出空隙便于识别。结果与构建出的进化树进行对比，观察种病毒基因的简单重复序列相似性......”。

9、“.....由于序列比对结果过多，在此就不列举了。本文选出了个具有代表性的结果进行分析。多序列比对的结果与分析图是种烟草花叶病毒基因组在碱基左右处的分布情况，由此可见与在此区域的分布基本相同,在此区域的分布基本相同同理与，与在此区域的分布基本相同。而以上组病毒基因组在进化树中的树枝距离也相对较短，亲缘关系近。图图是种烟草花叶病毒基因组在碱基左右处的分布情况，显而易见在这区域分布非常相似。毕业设计论文年月日设计论文题目烟草花叶病毒中的分布及其特征分析学生姓名学生学号专业班级生物技术班学院名称生物学院指导老师湖南大学毕业设计论文第页烟草花叶病毒中的分布及其特征分析摘要本文以种烟草花叶病毒基因组序列作为研究材料，利用软件对各个基因组序列中的的分布结构类型丰度密度及最长序列等进行了系统分析，并基于数据，对种烟草花叶病毒进行亲缘关系分析。结果表明基因组中的丰度与基因组的大小及含量没有必然的关系。各个基因组中单核苷酸......”。