1、“.....与此同时，要设计药物也需要了解与药物相应的蛋白质受体的三维结构。这是摆在科学家面前的紧迫任务。当前，虽然射线晶体学技术二维电子衍射等为蛋白质空间结构测定提供了有效的实验手段，但是这些方法提供蛋白质三维结构的速度还远小于蛋白质序列信息的增长速度。此外，这些方法还存在多种局限。此时，理论模拟与结构预测就显示了重要性。蛋白质结构预测问题就是如何从蛋白质的氨基酸序列出发预测它的功能构象问题。对蛋白质结构预测进行研究对基础理论和实际应用都有重大意义。在理论上，如果弄清二〇〇年六月十日星期四楚蛋白质级结构是如何决定其高级结构这个基本问题，将会使人们更系统和完整地理解生物信息从到具有生物活性蛋白质的传递全过程，使中心法则得到更完整的阐明，从而对生命过程中的各现象有进步的深刻认识，最终推动生命科学的快速发展。具体的讲，蛋白质结构预测的理论预测方法可分为三大类......”。

2、“.....这方法目前主要是指同源结构预测。它是在未知蛋白质中有同源结构可以参考的情况下应用的种技术。它可以根据同源结构中保守的部分搭建出未知蛋白质的结构骨架。它是现在最为成熟的预测方法。蛋白质根据序列同源性可以分成不同的家族。般认为序列同源性大于的蛋白质可能由同祖先进化而来，称为同源蛋白质。同源蛋白质具有相似的结构和功能。所以利用结构已知的同源蛋白质可以建立目标蛋白质的结构模型，然后用理论计算方法进行优化。利用同源模建方法建立的蛋白质模型是以已知的同源蛋白质结构为基础的，所以这是种基于现代生物学知识的预测方法。同源模建的基本过程包括六部分目标序列与模板序列的匹配根据同源蛋白质的多重序列匹配结果，确定同源蛋白质的结构保守区以及相应的框架结构目标蛋白质结构保守区的主链模建目标蛋白质结构变异区的主链模建侧链的安装和优化对模建结构进行优化和评估......”。

3、“.....般地，序列同源性越差，匹配的准确程度越低，建立的模型精度也越差序列同源性低于的蛋白质难以得到理想的结构模型。传统的序列分的蛋白质难以得到理想的结构模型。折叠识别法它可以应用到没有同源结构的情况中，且不需要预测二级结构，即可直接预测三维结构，从而可以绕过现阶段二级结构预测准确性不超过的限度，因此是种有潜力的预测方法。它的主要原理是把未知蛋白质的序列和已知的这种结构进行匹配，找出种或几种匹配最好的结构作为未知蛋白质的预测结构。它的实现过程是总结出已知的的蛋白质结构模式作为未知结构进行匹配的模板，然后经过对现有的数据库的学习，总结出可以区分正误结构的平均势函数作为判别标准，来选择出最佳的匹配方式。它的局限性是假定的蛋白质折叠类型是有限的。所以只有未知蛋白质和已知蛋白质结构相像的时候，才有可能预测出未知的蛋白质结构......”。

4、“.....从理论上讲是最为理想的方法。但现在所有的方法还不能完全达到这个要求。从头预测法又可细分为，二级结构预测超二级结构预测蛋白质结构类型预测蛋白质折叠模式预测详细的三维结构的直接预测等。从蛋白质序列预测空间结构是蛋白质结构预测的最终目标。然而这种方法直受到两方面的困扰首先，难以找到个能严格区分蛋白质的天然构象和非天然构象的能量函数，使能量函数的全局极小点对应蛋白质天然结构。目前已有的能量函数都采用经验势函数其次，由于蛋白质系统分子量和柔性都很大，所以在蛋白质的势能面上存在着极多的局部极小点，缺少种有效的全局优化算法也制约着这种方法的发展。在利用分子力场建立能量函数的过程中，模型的准确性和模型的简化是需要权衡的基本矛盾然而，蛋白质的三维结构预测是蛋白质结构预测的最终目标。目前还没有种预测方法能得到比较满意的结果......”。

5、“.....考虑到结构间的立体化学性质，亲疏水性质，氢键以及静电相互作用，把可信度较高的二级结构进步组装，搭建出最后的蛋白质空间结构。这种方法虽可构建出些蛋白质结构，不过因为它依赖于前面的预测结果，所以受到的限制太多。另个方向是不依赖二级结构预测的结果，直接预测三维结构的方法。在这个方向中最原始的方法是借用成功的应用小分子构象研究的分子动力学和分子热力学方法。对蛋白质整个构象空间进行搜索，然后找出能量最低的构象作为最后的预测构象。由于这种方法的计算量非常大，所以这种方法已经不再应用到蛋白质结构的从头预测问题。这种方法的基本框架被继承下来。由于上述两种方法的局限性，无法单独完成预测工作，因而将其合并用来预测目标基因蛋白。在本课题的研究中，通过对基因蛋白的氨基酸序列的搜索，建立初步结构模型，再对其进行侧链的预测，获得完我们得到最终模型后进行讨论......”。

6、“.....从模型中可以看出，的棕榈酰化点，和位于蛋白图像左侧链的环状部分，这些残基都接近开放裂。这立场使它们能够帮助酯进入蛋白质的核心。二〇〇年六月十日星期四在的模型中有三个区域，并且每个区域由右手扭曲反平行桶装结构组成，在这些内部疏水的桶装结构，有利于结合疏水的全反式视黄酯。半胱氨酸残基，和和它们长的碳链延伸到蛋白质的内部，而这些长的碳链有很高的亲酯性，可以提供个适合的疏水环境，因此我们预测它们位于细胞膜的疏水区域，并且用于在细胞膜表面固定。而不能结合任何棕榈酰酸，所以它的亲水表面不能固定在细胞膜表面。这也可以解释为什么是膜相关的，而细胞溶质的。因此，我们推断，全反式视黄酯进入蛋白是在棕榈链的帮助下进行的。二〇〇年六月十日星期四在模型中，位于靠近中间环的位置，位于蛋白链的右侧，它们都接近蛋白质的疏水中心，它们的突变会导致蛋白质功能的障碍......”。

7、“.....根据能量对接的结果当全反式视黄酯在附近进行对接时，能量低于它在链二区域中心的势能，而它的突变将引起对接势能的增加，这些结果表明，很接近于全反式视黄酯的结合位点，它可能是结合位点固有的部分。二〇〇年六月十日星期四当全反式视黄酯在附近对接时，它的势能明显高于在链的第二区域中心的势能，结果表明它比链二区域离全反式视黄酯结合位点更远，但当全反式视黄酯在附近对接时，的突变依然能导致势能的增加，因而推测的突变能够影响全反式视黄酯的结合位点。综上，我们提出种和全反式视黄酯之间相互作用的可能机制。如下当全反式视黄酯进入蛋白质的核心，通过三个棕榈链分别位于，和的帮助下进行，同时，在反平行桶装结构和些残基如的相互作用下使酯处于稳定的疏水环境中。而在全反式视黄酯转移过程中也起到了重要的作用。第五章视网膜色素变性研究进展近年研究证实视紫红质和蛋白的异常是视网膜变性疾病发生的重要原因......”。

8、“.....是因感光细胞和色素上皮细胞变性而导致进行性视野缺损的组常见遗传性致盲眼底病,通常具有常染色体显性常染色体隐性和性连锁遗传三种遗传方式,目前已发现多达个基因突变位点与有关。其中视紫红质基因是最常见的引起常染色体显性的基因,约的患者是由视紫红质基因突变引起的,其突变时会产生有害的视蛋白,干扰正常的视功能基因位点的突变则是常染色体隐性种常见的原因,突变可导致视网膜的视黄醛代谢循环过程紊乱，导致视网膜中视紫红质含量减低，相当与视网膜长时间处于暗环境中。此外,先天性黑蒙,也是种与视紫红质代谢相关的严重常染色体隐性遗传的视网膜营养障碍疾病,它约占到所有视网膜变性疾病的,是导致婴幼儿先天性视盲的常见原因。近年发现了数种与相关的致病基因,其中基因的突变占了病例中的。的基因治疗策略是通过引入外源性基因，产生具备正常功能的相关蛋白......”。

9、“.....若给予外源性顺视黄醇，可促进视紫红质的生成和的改善。等将整合野生型基因的腺相关病毒注入狗的视网膜下腔，观察个月后评价瞳孔光反应和，治疗组较对照组有明显改善，行为实验证明治疗组狗视力得以恢复，通二〇〇年六月十日星期四过证实了注射转基因腺相关病毒的视网膜象限中脉络膜和视网膜神经上皮层中均存在野生型的表达。针对的基因治疗取得了鼓舞人心的效果，但其长期有效性和安全性有待进步研究。可以预见随着相关基因研究的深入，以为代表的基因治疗将成为未来治疗的主要方向，其极有可能成为在网膜变性疾病中首先应用于临床的基因治疗方法。随着对蛋白研究的深入,相信会进步阐明视网膜变性等多种视网膜相关疾病的分子病理机制,并将为其治疗提供新的策略。二〇〇年六月十日星期四参考文献陈鹏,梁洁......”。