1、“.....它的实现过程是总结出已知的独立的蛋白质结构模式作为未知结构进行匹配的模板，然后经过对现有的数据库的学习，总结出可以区分正误结构的平均势函数作为判别标准，来选择出最佳的匹配方式。它的局限性是假定的蛋白质折叠类型是有限的。所以只有未知蛋白质和已知蛋白质结构相像的时候，才有可能预测出未知的蛋白质结构......”。

2、“.....从理论上讲是最为理想的方法。但现在所有的方法还不能完全达到这个要求。从头预测法又可细分为，二级结构预测超二级结构预测蛋白质结构类型预测蛋白质折叠模式预测详细的三维结构的直接预测等。从蛋白质序列预测空间结构是蛋白质结构预测的最终目标......”。

3、“.....难以找到个能严格区分蛋白质的天然构象和非天然构象的能量函数，使能量函数的全局极小点对应蛋白质天然结构。目前已有的能量函数都采用经验势函数其次，由于蛋白质系统分子量和柔性都很大，所以在蛋白质的势能面上存在着极多的局部极小点，缺少种有效的全局优化算法也制约着这种方法的发展。在利用分子力场建立能量函数的过程中......”。

4、“.....蛋白质的三维结构预测是蛋白质结构预测的最终目标。目前还没有种预测方法能得到比较满意的结果。蛋白质的三维结构预测是根据二级结构预测的结果以及蛋白质结构类型和折叠类型预测的结果，考虑到结构间的立体化学性质，亲疏水性质，氢键以及静电相互作用，把可信度较高的二级结构进步组装，搭建出最后的蛋白质空间结构......”。

5、“.....不过因为它依赖于前面的预测结果，所以受到的限制也可以解释为什么是膜相关的，而细胞溶质的。因此，我们推断，全反式视黄酯进入蛋白是在棕榈链的帮助下进行的。二〇〇年六月十日星期四在模型中，位于靠近中间环的位置，位于蛋白链的右侧，它们都接近蛋白质的疏水中心，它们的突变会导致蛋白质功能的障碍......”。

6、“.....能量低于它模式，为世纪药学专业的发展提供了强大的动力。随着人类基因组计划和相关测序技术的发展，如今人们已经获得了大量蛋白质的级序列。然而要了解这些蛋白质功能的分子基础，只有氨基酸序列知识是不够的，必须要知道他们的三维结构即空间构象。与此同时，要设计药物也需要了解与药物相应的蛋白质受体的三维结构......”。

7、“.....当前，虽然射线晶体学技术二维电子衍射等为蛋白质空间结构测定提供了有效的实验手段，但是这些方法提供蛋白质三维结构的速度还远小于蛋白质序列信息的增长速度。此外，这些方法还存在多种局限。此时，理论模拟与结构预测就显示了重要性。蛋白质结构预测问题就是如何从蛋白质的氨基酸序列出发预测它的功能构象问题......”。

8、“.....在理论上，如果弄清二〇〇年六月十日星期四楚蛋白质级结构是如何决定其高级结构这个基本问题，将会使人们更系统和完整地理解生物信息从到具有生物活性蛋白质的传递全过程，使中心法则得到更完整的阐明，从而对生命过程中的各现象有进步的深刻认识，最终推动生命科学的快速发展。具体的讲，蛋白质结构预测的理论预测方法可分为三大类......”。

9、“.....这方法目前主要是指同源结构预测。它是在未知蛋白质中有同源结构可以参考的情况下应用的种技术。它可以根据同源结构中保守的部分搭建出未知蛋白质的结构骨架。它是现在最为成熟的预测方法。蛋白质根据序列同源性可以分成不同的家族。般认为序列同源性大于的蛋白质可能由同祖先进化而来，称为同源蛋白质......”。