,根据重复序列完美性程度不同,简单重复序列的特点,简单重复序列与疾病开放阅读框中的与疾病,非编码区中与疾病,简单重复序列与复制起始点简单重复序列的突变机制不对等交换突变机制逆转录机制滑动突变机制影响简单重复序列突变的因素简单重复序列的重复次数简单重复序列的重复单元的组成重复序列在基因组中的位置序列重组简单重复序列的连续性乙型肝炎病毒的介绍乙型肝炎病毒颗粒的基本结构乙型肝炎病毒基因组的结构特点开放阅读框架开放阅读框架开放阅读框架人类疱疹病毒中简单重复序列及其含量的分布研究开放阅读框架乙型肝炎病毒血清型和基因型乙型肝炎病毒基因型的分布及致病性生物信息学常用的数据库数据库核酸数据库数据库常用的分析软件本研究工作的目的和意义第章材料与方法基因序列的基本信息简单重复筛选原理简单重复序列统计标准简单重复序列统计公式第章结果分析与讨论结果分析型在基因型中的分布规律二型在基因型中的分布规律三型在基因型中的分布规律讨论总结参考文献致谢附录攻读学位期间所发表的学术论文目录硕士学位论文第章绪论随着生物行业的迅速发展，计算机运算能力的提高和国际互联网的完善使得生物信息数据库资源的增长呈现了惊人的速度，为了更好的处理和利用这些数据，门以生物和计算机为基础的新学科生物信息学诞生了，生物信息学的诞生大大推动了相关研究的开展，并被誉为解读生命天书的慧眼。从目前生物信息学的研究情况来看，国际上公认的生物信息学的研究内容，大致包括以下几个方面生物信息的收集存储管理与提供基因组序列信息的提取和分析功能基因组相关信息分析生物大分子结构模拟和药物设计生物信息分析的技术与方法研究应用与发展研究。因为生物信息学涉及的内容非常多，本论文所涉及的仅仅只是小部分，本文主要通过分析病毒基因组中简单重复序列的分布特征来推测其相应的功能。简单重复序列的简介简单重复毒，是种病毒，属于嗜肝病毒科。是种能够引起急慢性乙型肝炎且严重危害人类健康的病毒。广泛分布在世界各地，同时因感染而引起的相关肝病已经成为世界上第十大死因，并且由感染而引起的肝癌已是世界上第五种最常见的癌症。原发性肝细胞癌，肝硬化等重症肝病的发生率与的感染相关，且这种相关性受感染者的性别地理区域分布生活环境因素感染的年龄种族生活习惯等因素的影响。同时研究表明基因组的突变率非常高，其突变率是其它病毒的倍以上，这可能是导致具有多种基因型和基因亚型的主要原因。据全长序列的差异性，可以分为八种基因型和多种基因亚型,。基因型和基因亚型的分布有着较为明显的地区差异性，例如与其它地区相比，亚洲是的高流行区尤其是中国，同时有趣的是和的地理分布区域最主要在中国且其它基因型在中国分布较少。乙型肝炎病毒颗粒的基本结构完整的乙型肝炎病毒是直径为的球形颗粒，其通常被称为丹娜颗粒。丹娜颗粒由外膜核衣壳和聚合酶三部分组成。外膜就是由蛋白质和膜脂质组成，其厚度为，是通常所说的的表面抗原，表面抗原包括小表面蛋白中表面蛋白大表面蛋白，如图所示。是由基因编码而成的，是的最主要的抗原决定簇是由和编码而成的，其不是病毒颗粒组装和释放所必需的共同编码，是形成病毒颗粒和维持其感染性所必需的，同时有着重要的和细胞的抗原位点，在病毒感染的保护和感染后的恢复等方面起着重要的作用。核衣壳是直径约为的二十面体的对称结构,是病毒的核心抗原部分，其由基因编码而成的。为长度大约为的部分双链的环状，是由两条长度不同的链组成，其硕士学位论文具有独特的基因组结构，长链上有有四个开放读码框架分别编码以下些蛋白蛋白蛋白和蛋白蛋白以及蛋白,。乙型肝炎病毒基因组的结构特点乙型肝炎病毒是种逆转录病毒，其基因序列是长度大约为的部分双链的环状的序列，序列的两条链并不等长，其中长链为负链，短链为正链。长链的端与端并没有共价连接，而是与种蛋白质共价相连不同病毒的短链的长度不同，且般为长链的，短链的端固定而端的位置变动，两端的间隙有聚合酶来填充。长链的粘性末端与短链的粘性末端相互重叠，使双链能够维持环状结构。基因序列虽然非常短，但其容纳了生命活动过程中所需的全部信息，重叠的基因序列比较多且显得特别精密浓缩。在的负链中有四个开放读码框架，区区区区。它们分别编码的包膜蛋白核壳蛋白聚合酶蛋白，其中最长的开放读码框架是聚合酶的基因，最短的开放读码框架是编码蛋白的基因。编码大中小的由和三个区域组成，它完全重叠于聚合酶基因中编码核衣壳蛋白的基因与聚合酶基因也有重叠编码蛋白的基因既与聚合酶基因重叠又与基因重叠，如图所示。具有高突变性，其中以区核苷酸序列变异最大，且其变异与全序列变异相致。有报道表明，每年每个碱基突变率为，是其它病毒突变率的十倍以上。这可能与在复制过程中以为中间体，且聚合酶缺乏校正功能有关。乙型肝炎病毒基因型中的比较分析开放阅读框架开放阅读框架是编码乙肝病毒颗粒表面抗原的基因序列，其由基因以及其前面的前序列和前序列组成，它们同属于个阅读框。因此乙肝病毒表面抗原包括小表面蛋白中表面蛋白大表面蛋白三种抗原。小表面蛋白也称为小蛋白，它是由基因编码而成。小表面蛋白大约由个氨基酸组成且其中含有较多的半胱氨酸。小表面蛋白是的最主要的抗原决定簇决定簇，且决定簇在所有的分离株中均有发现,。基因和共同编码病毒粒的中表面蛋白，中表面蛋白大约含有个氨基酸且其中心部分携带着主要的抗原表位，但其与小表面蛋白不同，中表面蛋白不是病毒颗粒组装和释放所必需的。大表面蛋白是由中表面蛋白及其端或个氨基酸组成的，因此，其包含了和基因。大表面蛋白携带着细胞和细胞的抗原位点，因此其在细胞免疫过程中起着非常重要的作用同时，大表面蛋白是颗粒形成和感染性维持所必需的。开放阅读框架开放阅读框架含有基因和前基因，其编码核心抗原和抗原两种抗原。是由基因编码生成的，其分子大约为，是病毒核壳的结构蛋白。前抗原蛋白是由和基因共同编码而成的，其分子大小为。是种分泌蛋白，其在信号肽的引导下硕士学位论文的前抗原蛋白进入分泌旁路，并经过高尔基复合体的加工，使前抗原蛋白成为成熟的，因此可以检测到在血液中的含量。开放阅读框架中的个开放阅读框架中，的序列最长，并且与三个基因区都有重叠部分。其编码的蛋白含有四个结构域末端蛋白隔离区，逆转录酶多聚酶，它们分别位于。末端蛋白，在氨基端，它可与负链的端共价结合，并引导负链的合成。隔离区，除了将末端蛋白和其他分子连接起来外，对于其他功能还不是很清楚。逆转录酶多聚酶，是和依赖的聚合酶，目前认为，其除了作为功能蛋白来催化的逆转录和链的合成外，还可以作为结构蛋白来参加前基因组的包装。位于酶羧基端，它可裂解逆转录过程中形成的杂交体中的。开放阅读框架开放阅读框架的长度为，是基因中最小的开放阅读框，基因比较保守，其编码的蛋白质为。基因是个高度重叠的序列，其端与基因部分重叠，其端与基因羧基端核酸酶活性部分重叠了个密码子，该区多高度保守，且基因终止密码子位于基因的中段。研究发现，蛋白具有三个高度保守区，它们分别为位于三处氨基酸处，这三处保守区可能与蛋白的反式激活作用有关。蛋白具有多样性的生物功能通过复杂的信号转导间接发挥广泛的非特异性反式激活作用可以激活多种不同的细胞内信号转导通路，例如蛋白可激活激酶级联反应的信号与蛋白的结合破坏了基因的负调节作用，从而导致细胞的恶性转化。乙型肝炎病毒血清型和基因型年等根据的共同抗原决定簇第位氨基酸,和相互排斥的两对抗原决定簇第位氨基酸和第位氨基酸的不同，将毒株分为和个亚型或血清型。同时随着研究的深入，等又将抗原决定簇细分为，再加上新发现的，可以进步分为种血清型和。进步的研究发现血清型仅仅反映的是部分包膜蛋白氨基酸的差异，并没有真正地反映病毒的系统发生关系，且基因序列的单个核酸的变化就有可能改变血清亚型，故血清亚型并不能学校代号学号分类号密级硕士学位论文单纯疱疹病毒中简单重复序列及其含量的研究学位申请人姓名培养单位生物学院导师姓名及职称学科专业生物化学与分子生物学研究方向生物信息学论文提交日期年月日人类疱疹病毒中简单重复序列及其含量的分布研究摘要本论文以人类单纯疱疹病毒型和二型的基因组为研究材料，利用软件和对所研究的基因组序列进行了的定位和提取，再结合相关的统计学方法对的分布特征及其碱基偏向性进行了系统的分析。分析结果显示在中单核苷酸重复是最多的，而在中单核苷酸重复和二核苷酸重复含量却差不多。比较两病毒基因组中四核苷酸重复的相对频率发现，在中似乎明显比中高。另外在和中分别以绝对的优势存在于型二型和三型中，事实上我们发现在所有的中含量是明显高于整个基因组中含量的。在比较的长度和含量关系中发现，的长度越长，在两病毒基因组中越少。从这些分析结果我们可以得出在和基因组中的分布有着各自的特点，越长的，含量越少，可能是长的容易向短的突变的结果。在两病毒基因组中的高含量可能与两基因组的特殊结构有关，特别是在翻译区三核酸重复的偏向性将可能影响蛋白质的结构。另外，我们的数据可能对研究单纯疱疹病毒的致病性和其进化机制有帮助。关键词简单重复序列单纯疱疹病毒相对频率偏向性硕士学位论文人类疱疹病毒中简单重复序列及其含量的分布研究硕士学位论文目录学位论文原创性声明,